| 34-00-00 | Керівництво |
| | Начальник |
| | Заступник начальника |
| 34-00-01 | Відділ організації роботи |
| 34-00-02 | Сектор забезпечення відомчого контролю |
| 34-00-04-01 | Управління податкового адміністрування підприємств агропромислового комплексу |
| | Відділ податкового адміністрування підприємств вирощування та торгівлі сільськогосподарською продукцією |
| | Відділ податкового адміністрування підприємств переробної промисловості |
| 34-00-04-02 | Управління податкового адміністрування підприємств виробничої та невиробничої сфери |
| | Відділ податкового адміністрування підприємств промислового і продовольчого виробництва та інших галузей |
| | Відділ податкового адміністрування підприємств інфраструктури водного транспорту та енергетики |
| 34-00-05 | Відділ правового забезпечення |
| 34-00-07 | Управління податкового аудиту |
| | Відділ планових та позапланових перевірок ризикових платників та перевірок з інших податків |
| | Відділ перевірок з питань відшкодування ПДВ |
| | Відділ фактичних перевірок |
| | Сектор перевірок фінансових операцій |
| | Інформаційно-аналітичний сектор, якості перевірок, координації звітності та аналізу |
| | Миколаївський відділ документальних перевірок |
| 34-00-08 | Сектор запобігання фінансовим операціям, пов’язаним з легалізацією доходів, одержаних злочинним шляхом |
| 34-00-10 | Сектор фінансового забезпечення та бухгалтерського обліку |
| 34-00-11 | Сектор персоналу |
| 34-00-12 | Сектор податкових сервісів |
| 34-00-13 | Сектор по роботі з податковим боргом |
| 34-00-14 | Сектор з питань запобігання та виявлення корупції |
| 34-00-15 | Спеціаліст з охорони державної таємниці, технічного та криптографічного захисту інформації |
| 34-00-17 | Сектор інфраструктури та господарського забезпечення |
| 34-00-18 | Відділ з питань виявлення та опрацювання податкових ризиків |
| 34-00-19 | Відділ економічного аналізу |
| 34-00-20 | Сектор інформаційних технологій |
| 34-00-23 | Відділ трансфертного ціноутворення |
| 34-00-30 | Сектор інформаційної взаємодії |
| 34-00-50 | Миколаївський відділ адміністрування підприємств |